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《中国真菌学》贯彻党和国家的卫生工作方针政策，主要报道我国真菌学特别是医学真菌学的最新研究进展，内容涉及基础医学与临床医学中的大部分专业，以从事皮肤、感染、血液、呼吸、器官移植、肿瘤、急救、创伤、检验等与真菌感染专业有关的中高级医务人员及从事微生物学、分子生物学及药学等基础研究的研究人员为主要读者群，是真菌学工作者之间交流的窗口和平台。
《中国真菌学》设专家论坛、论著、论著摘要、技术和方法、学术讲座、继续医学教育、综述、真菌病治疗和疑难病例分析等栏目，对于获国家或省部级基金课题并符合本刊要求的来稿启动绿色通道，给予优先发表。
中国真菌学杂志投稿数据库统计图来源于中教数据库（http://zgzjxzz.zjdata.net）