一些用于编辑PDF文件的特殊软件，通过受很多限制并且比创建和编辑标准可编辑文档格式更昂贵的选择。Inkscape 0.46及以后版本允许通过Poppler加入中间的转译步骤编辑PDF。
Adobe Acrobat DC 允许用户对一个未加密的 PDF 文件或者具有相关权限用户对 PDF 文件进行编辑，同时还自带了 OCR 识别、注释、表单预备、合并，数字签名等十分完善的功能
Serif PagePlus可打开、编辑和保存已有的PDF文档，以及软件包中创建的文档的发布。
Microsoft Office Word也支持打开、编辑和保存已有的PDF文档的编辑功能。
Enfocus PitStop Pro，Acrobat的插件，允许PDF文件的手动和自动编辑，同时免费的Enfocus Browser可以使编辑PDF的低级别架构成为可能。
大多数的 TeX 文件经过编译系统后默认输出格式为 PDF 文件
Adobe Acrobat是允许用户给已创建的PDF文件注释、高亮和添加笔记的专有软件的一个案例。作为自由软件可用的（GNU通用公共许可协议许可下）一个UNIX应用是PDFedit。另一个GPL授权的原生UNIX应用是Xournal。Xournal允许以不同的字体和颜色注释，以及用于为文本或段落的快速下划及高亮线条的规则。Xournal还有一个用于方形、矩形和圆形的形状识别工具。Xournal中的注释可以被移动、复制或粘贴。免费软件福昕阅读器，适用于Microsoft Windows，允许注释文档。Tracker Software的PDF-XChange Viewer的免费版允许不受限制的注释和标记。苹果Mac OS X内置PDF阅读器Preview也可以像免费软件Skim那样注释，后者支持与LaTeX、SyncTeX和PDFSync集成，以及与BibDesk参考文献管理软件集成。免费软件Qiqqa可以创建总结所有注释的报告，而且笔记通过他们的PDF库做出来。
对于移动版的注释，iAnnotate PDF（来自Branchfire）和GoodReader（来自Aji）允许对PDF注释以及导出注释的摘要。
还有一些支持注释PDF及其他文档格式web注释系统，如A.nnotate、crocodoc、WebNotes。
在PDF被期望拥有纸质文档的全部功能的地方，墨水注释会被要求。一些接受来自鼠标的墨水输入的程序可能不足以对应平板上的手写输入。PC上已有的解决方案包括PDF Annotator和Qiqqa。
PDF软件作为在线服务的例子包括用于查看和存储的Scribd、用于在线编辑的Pdfvue和用于PDF转换的Zamzar。
1993年出自Global Graphics的Jaws位图处理器成为第一个不用转换到其他格式原生产生PDF的销售用的印前RIP。公司在1997年给他们的Harlequin RIP发布了一个有同样兼容性的更新。
爱克发-吉华1997年推介并出售Apogee，第一个基于PDF的印前工作流系统。
许多商业的胶印机接受递交发布就绪的PDF文件作为印刷来源，特别是PDF/X-1a子集和相同的变种。发布就绪的PDF文件的提交是对接收已收集本地文件工作的不确定性需求的替代。
PDF被选为Mac OS X的“本地”元文件格式，取代早期Mac OS的PICT格式。Quartz图形层的图像模式基于Display Postscript和PDF共有的模式，产生了昵称Display PDF。Preview应用与Safari网页浏览器2.0及以后版本都可以显示PDF文件。对PDF的系统级支持使得Mac OS X应用可以自动创建PDF文档，给它们提供OS标准的打印架构支持。文件可以按文件标头输出为PDF 1.3格式。在Mac OS X 10.0到10.3版截图时，图像也可以截取为PDF；后来的版本保存截图为PNG文件，虽然这一行为若有需要可以重新设置为PDF。
一些桌面打印机也支持直接打印PDF，可以不用额外的辅助生成PDF数据。目前，所有PDF兼容打印机也支持Postscript，但多数Postscript打印机不直接支持PDF打印[来源请求]。
自由软件基金会曾认为他们的一个高优先级计划“提供自由、高质量和全功能的一组软件库及程序实现PDF文件格式及ISO 32000标准的相关技术”。而在2011年，GNU PDF计划从“高优先级”列表中被移除，因为Poppler库的完善，激励了像Evince之类的应用与GNOME桌面环境的广泛应用。Poppler基于Xpdf代码。PDF软件列表亦列出可用的商业开发用软件库。
Apache软件基金会的Apache PDFBox计划是一款用于处理PDF文档的开放源代码Java库。PDFBox以Apache许可证授权发布。
一个名为 Devon Govett （页面存档备份，存于互联网档案馆） 的 Adobe 员工在 GitHub 上开源了一款用于 Javascript 的 PDF 操作库 PDFKit （页面存档备份，存于互联网档案馆）
Apple 开发者早期使用 Quartz 的 CGPDFdocument （页面存档备份，存于互联网档案馆） 来绘制一个 PDF 文档，但是因为使用较为底层的图形库绘制 PDF 文档和查看十分麻烦，因此在 2017 年的 WWDC 大会上 Apple 引进了 PDFKit （页面存档备份，存于互联网档案馆） 来让开发者在 Apple 产品的操作系统上让自己的 App 支持绘制，查看，标注 PDF 等等功能
